Des logiciels faits pour votre science.

Les logiciels génériques ne sont pas faits pour votre science. BioDevs développe des logiciels adaptés à votre expérience, pour augmenter le débit de production scientifique, réduire les erreurs humaines, et mesurer des paramètres hors de portée des outils génériques.

Discutons de vos besoins Voir nos réalisations

Tout commence par un échange, ou une visite dans votre labo, pour identifier ce qui vaut la peine d'être développé pour votre expérience.

Le constat

Votre science est spécifique. Vos logiciels ne le sont pas.

ImageJ, Excel, GraphPad et R sont partout dans les labos, et aucun n'a été conçu pour vos questions scientifiques. L'analyse manuelle avec ces logiciels limite votre débit scientifique, est sujette aux biais et aux erreurs humaines, et ne peut pas mesurer les paramètres biologiquement pertinents dont dépend votre question.

Des logiciels sur mesure pour

générer des protocoles standardisés

Génération de protocoles standardisés et personnalisés – calculs de dilution, schémas de montage – pour éliminer les erreurs humaines évitables.

piloter vos instruments

Logiciels pour piloter vos caméras, microscopes et bancs de test, adaptés à votre montage réel.

automatiser les tâches répétitives

Des tâches simples (copier-coller de données) jusqu'aux pipelines de data science avancée.

analyser images & vidéos par IA

Analyse d'images et de vidéos par deep learning, avec des modèles d'IA entraînés spécifiquement pour votre tâche.

nettoyer & structurer vos données

Nettoyage et structuration automatiques de vos données brutes, prêtes pour l'analyse.

produire des figures & stats prêtes à publier

Analyse, visualisation et figures prêtes à publier, avec les tests statistiques adéquats intégrés.

publier vos outils en ligne

Un site web dédié à votre logiciel ou à vos données – tableaux de bord interactifs, documentation, démos – publié avec vos articles.

Notre mission

Des logiciels conçus pour vos expériences – et elles seules

Nous développons ce dont votre travail a besoin : de la simple automatisation de tâches informatiques (génération de protocoles, copier-coller) au pilotage de vos appareillages, jusqu'à l'analyse de vos données par data science avancée et l'entraînement de modèles d'IA pour l'analyse d'images ou de vidéos complexes.

Pourquoi BioDevs

Une compréhension de la pertinence biologique et des sciences du logiciel

Nous travaillons à l'interface de la biologie expérimentale et du logiciel. Cette combinaison transforme une acquisition brute en mesures biologiquement signifiantes : moins de travail manuel, moins d'erreurs, des paramètres que les logiciels génériques ne savent pas extraire, et un débit scientifique supérieur de plusieurs ordres de grandeur.

Débit accru Moins d'erreurs humaines Nouveaux paramètres biologiques Résultats prêts à publier Publications à plus fort impact

Au-delà du gain d'efficacité, un logiciel sur mesure réduit les biais d'observation et améliore la reproductibilité et la fiabilité de vos résultats : ils sont plus faciles à défendre en relecture. Publiez votre logiciel avec votre article, sur son propre site web, et rendez-le accessible aux autres scientifiques : des outils ouverts et réutilisables aident vos travaux à atteindre des revues à plus fort impact et à être davantage cités.

À propos

Théo Mercé, PhD – fondateur de BioDevs

Docteur (PhD) en biochimie et toxicologie, développeur et data scientist spécialisé en analyse biologique par deep learning, auteur des outils DanioTracker, ZOTAS et DanioAChE.

Basé à Bordeaux (Talence, France). Ancien chercheur postdoctoral (2024-2026) à l'Inserm U1211 (Maladies rares : génétique et métabolisme, MRGM), Université de Bordeaux. Nom aussi écrit Theo Merce.

Publications choisies (avec DOI)

ZOTAS – An optimized zebrafish obesogenic test protocol with an artificial intelligence-based analysis software for screening obesogens and anti-obesogens. Biology Methods and Protocols, 2025. DOI: 10.1093/biomethods/bpaf052
ZOTAS – Identification of pharmaceuticals and environmental contaminants as obesogens inducing a locomotion-independent thrifty phenotype. Communications Biology, 2026. DOI: 10.1038/s42003-026-09842-1
DanioTracker – Hyperactivity and Seizure Induced by Tricresyl Phosphate Are Isomer Specific and Not Linked to Phenyl Valerate-Neuropathy Target Esterase Activity Inhibition in Zebrafish. Toxicological Sciences, 2021. DOI: 10.1093/toxsci/kfab006
Modeling zebrafish escape swim reveals maximum neuromuscular power output and efficient body movement adaptation to increased water viscosity. iScience, 2025. DOI: 10.1016/j.isci.2025.112056
An Antidote Screening System for Organophosphorus Poisoning Using Zebrafish Larvae. ACS Chemical Neuroscience, 2021. DOI: 10.1021/acschemneuro.1c00251

Réalisations

Zebrafish Research

Des applications de deep learning et des logiciels de laboratoire livrés pour la toxicologie et la découverte de médicaments sur larves de poisson-zèbre. La preuve que des besoins scientifiques très spécifiques nécessitent des outils robustes.

Acquisition haut débit des réponses d'échappementSuivi de chaque larve, même quand elles se croisentDétection automatique des événements de type crise

DanioTracker

Tracking vidéo sur mesure, fondé sur des modèles d'IA de vision entraînés par notre équipe : une analyse plus de 100× plus rapide qu'avec les outils génériques, sans intervention experte. Il extrait des paramètres spécifiques au domaine pour la toxicologie et la pharmacologie (évaluation neuromusculaire, contrôle postural, détection des crises épileptiformes), de la vidéo brute aux statistiques et figures prêtes à publier.

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ZOTAS

Quantification par deep learning de l'adiposité dans le test obésogène zebrafish (ZOT) à partir d'images de fluorescence, pour le criblage d'obésogènes et l'évaluation des risques : une analyse d'image 50× plus rapide, sans travail manuel. Grâce à lui, l'équipe a identifié des substances induisant un phénotype « thrifty » obésogène, indépendamment de l'activité physique et de la prise alimentaire.

Publié dans :

Biology Methods and Protocols Communications Biology · Nature Portfolio

DanioAChE

Analyse d'images mesurant l'inhibition de l'acétylcholinestérase (AChE) chez la larve, pour la toxicologie des agents neurotoxiques et pesticides et le criblage d'antidotes. Une IA entraînée sur mesure extrait les régions cérébrales et musculaires pour quantifier des caractéristiques histochimiques et la puissance toxicologique ou pharmacologique.

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ProtocolGen

Application web qui transforme une liste de composés en protocole expérimental prêt à l'emploi : calculs de dilution automatiques, plans de plaques multi-puits et horaires d'exposition, exportés en PDF standardisé à partager avec les collègues et à ajouter aux agendas.

ZebraDash

Tableau de bord qui centralise les paramètres extraits par DanioTracker sur l'ensemble des expériences : sélection des composés et des paramètres à comparer, regroupement automatique des réplicats, et génération en un clic de figures prêtes à publier : heatmaps dose-réponse, profils radar et raincloud plots.

Contact

Discutons de vos besoins

Parlez-nous de vos expériences et problématiques scientifiques. Nous identifierons les goulots d'étranglement et là où un logiciel sur mesure aiderait.